Gojira zmizela v hlubinách sopky Mt. Mihara, ale něco po ní přece jenom zůstalo. V troskách Tokia naleznou vojáci a vědci zbytky její DNA, které mají putovat do laboratoře. To by ovšem o ní nesměli vědět další zájemci. Americká společnost zabývající se genetikou Bio-Major a teroristická organizace ze vzdálené země Saradia. Po malé přestřelce DNA zmizí, aby se za pět let opět vynořila. Do rukou ji dostal doktor Shiragami, který již několik roků truchlí nad ztrátou své dcery a nyní se zabývá tajným výzkumem (buňkami Gojiry). Ty mají posloužit k vytvoření anti-jaderných bakterií, které by dopomohly zničit Gojiru, pokud by se ještě někdy objevila. Jenže nikdo netuší, že doktor pracuje na svém vlastním projektu. Ten se provalí poté, co je laboratoř přepadena a na svobodu se dostane podivný tvor, který se uhnízdí v nedalekém jezeře. Kombinací DNA Gojiry, výtažku z růží a lidských buněk vznikl „Biorante“. Společnost Bio-Major se však nechce tak lehko vzdát a tak začne japonské vládě vyhrožovat, že odpálí bomby u hory Mt. Mihara, pokud jí nedají zbytky získané DNA. Jak už to tak bývá, Gojira se stejně dostane na svobodu a my tak můžeme sledovat další „monster“ souboj a zoufalé snažení armády zabít legendární příšeru jednou provždy.
