Je rok 2065. Země je v obležení. Při nárazu meteoru se na naši planetu dostaly milióny podivných bytostí, které decimují venkov i města a hrozí, že zadusí ostatní život na Zemi. Lidi zabíjejí tím, že si podmaňují jejich duše. Ti, kteří zatím přežili, začínají opevňovat svá města, aby se vetřelcům ubránili. Ale čas běží... Poslední záchranou lidstva je krásná a inteligentní Dr. Aki Ross, která je rozhodnutá věnovat všechny své schopnosti na boj s vetřelci z vesmíru. Pod vedením svého učitele Dr. Sida a za pomoci vojenské jednotky Deep Eye, v jejímž čele stojí odvážný kapitán Gray Edwards, se Aki vydává do boje za záchranu Země i sebe. Dostane se do myšlení vetřelců a získá klíč k odhalení jejich tajemství. Proti ní však stojí generál Hein. Chce proti ní použít zbraň, která by zničila celou Zemi.
