V roce 1961 ztroskotala vesmírná loď Ark na odvrácené straně Měsíce. Došlo k tomu po boji na planetě Cybertron mezi Autoboty, kteří bojovali za svobodu, a Deceptikony, kteří bojovali za tyranii. Zdálo se, že Autoboty čeká úplná porážka, ale jedna autobotí loď z boje vyvázla. Nesla přísně tajný náklad, který by byl změnil osud planety. Byla to zoufalá akce a poslední naděje, která se rozplynula, když Ark ztroskotal. Toto ztroskotání však bylo zaznamenáno v NASA a prezident Kennedy vyslal na Měsíc první lidskou posádku, která měla Ark prozkoumat. V roce 1969 přistála na Měsíci posádka Apollo 11. To, co tam našli, si nechali jen pro sebe a pro tajné služby. Což se později ukázalo jako špatné rozhodnutí. V současné době Sam Witwicky, který před časem zachránil Zemi před Deceptikony, nesmí pracovat s Autoboty, kteří pracují ve službách Spojených států a hledají po celé Zemi skrývající se Deceptikony. Během mise v Černobylu zjistili, že je lidé, kterým pomáhají, neinformovali o důležitých věcech. Musí se vydat na Měsíc a zjistit, jaká je situace. V Arku najdou polomrtvého Sentinela Prima, který byl Optimusovým předchůdcem. To Sentinel zachránil pilíře, které mohou vytvořit most mezi Zemí a Cybertronem, po kterém se dá teleportovat. Pilířů našli celkem pět. Autoboti dopraví Sentinela na Zemi a zachrání mu život. Sam Witwicky marně shání práci a vadí mu, že ho musí živit jeho přítelkyně Carly. Ta pracuje pro Dylana Goulda, který Samovi leží v žaludku. Hrozně na něj žárlí. Sam zjistil, že Deceptikoni, kteří se na Zemi skrývají, postupně vyvražďují všechny, kteří nějakým způsobem pracovali na misi Apollo 11. Podaří se mu s pomocí bývalého agenta CIA Seymoura Simmonse najít dva ruské kosmonauty, kteří mají fotografie stovek pilířů, které se nacházely na Arku...
